Les 292 mosquées présentes sur le territoire belge, organisées sous forme d’ASBL, désignent chacune un délégué pour constituer le Conseil Général des Musulmans de Belgique (CG). Ce CG élit en son sein les 51 membres qui siègent à l’Assemblée générale des Musulmans de Belgique (AG). À ces membres sont adjoints dix cooptés pour garantir une présence féminine ainsi qu’une expertise au sein de l’AG. L’AG est gérée par le Bureau de l'AG, composé du Président et des deux vice-présidents de l'AG. L’AG est chargée de désigner les 17 membres de l’Exécutif des Musulmans de Belgique (EMB).
L’EMB est dirigé par un(e) Président(e). Il se compose de deux collèges, un francophone et un néerlandophone, présidés par les deux vice-présidents de l'EMB.
À la demande de l'EMB, les deux collèges émettent des avis sur des sujets qui relèvent des missions de l'EMB.
Le Bureau de l’EMB est constitué du Président et des deux vice-présidents de l'EMB. Ce bureau, en concertation avec le Bureau de l’AG, peut créer des Commissions composées de membres de l’EMB et/ou de l’AG pour étudier certaines matières ou thèmes déterminés.